Ngày 18/12/2011 Thủ tướng Chính phủ đã ký Quyết định 2406/QĐ-TTg, ban hành Danh mục các Chương trình mục tiêu Quốc gia (MTQG) giai đoạn 2012-2015 và phân công các cơ quan quản lý, triển khai thực hiện 16 Chương trình MTQG, bao gồm:

1. Việc làm và dạy nghề;

2. Giảm nghèo bền vững;

3. Nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn;

4. Y tế;

5. Dân số và Kế hoạch hóa gia đình;

6. Vệ sinh an toàn thực phẩm;

7. Văn hóa;

8. Giáo dục và Đào tạo;

9. Phòng, chống ma túy;

10. Phòng, chống tội phạm;

11. Sử dụng năng lượng tiết kiệm và hiệu quả;

12. Ứng phó với biến đổi khí hậu;

13. Xây dựng nông thôn mới;

14. Phòng, chống HIV/AIDS;

15. Đưa thông tin về cơ sở miền núi, vùng sâu, vùng xa, biên giới và hải đảo;

16. Khắc phục và cải thiện ô nhiễm môi trường.

Trong những năm vừa qua các Chương trình mục tiêu Quốc gia đã giúp đất nước ta thực hiện được nhiều mục tiêu xã hội và mục tiêu thiên niên kỷ, tạo ra những điều kiện để nước ta xóa đói giảm nghèo, cải thiện chất lượng cuộc sống của nhân dân ở những vùng kinh tế khó khăn như: y tế, giáo dục, an ninh, nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn... Mặc dù, trong quá trình thực hiện các Chương trình MTQG đã gặt hái nhiều thành công. Bên cạnh đó, cũng có nhiều vấn đề chưa được trong thực hiện các chương trình MTQG. Cụ thể là: dàn trải, phân tán, trùng lắp, số lượng chương trình không tương thích với nguồn lực.

Vì vậy, để tạo điều kiện cho Bộ, cơ quan, địa phương chủ động lồng ghép, quản lý và sử dụng vốn hiệu quả hơn, hạn chế dàn trải, trùng lắp; tại buổi Kết luận của cuộc họp về lập kế hoạch đầu tư công trung hạn 5 năm 2016 - 2020, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Tấn Dũng chỉ đạo giai đoạn 2016 - 2020, chỉ triển khai thực hiện 2 Chương trình mục tiêu Quốc gia là: Giảm nghèo bền vững và Xây dựng nông thôn mới.

Thủ tướng nêu rõ, về nguyên tắc không cắt giảm các nhiệm vụ chi cần thiết đang thực hiện của 16 Chương trình MTQG hiện nay; các Bộ, cơ quan Trương ương phụ trách 14 Chương trình MTQG còn lại phối hợp với Bộ Lao dộng - Thương binh và Xã hộ, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn rà soát, lồng ghép các mục tiêu, nhiệm vụ có liên quan đến giảm nghèo vào Chương trình mục tiêu Quốc gia Giảm nghèo bền vững; các mục tiêu, nhiệm vụ liên quan đến xây dựng nông thôn mới vào Chương trình mục tiêu Quốc gia Xây dựng nông thôn mới.

Thủ tướng giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính rà soát đưa các nhiệm vụ chi cần thiết đang thực hiện không trùng với 02 Chương trình MTQG triển khai giai đoạn 2016 - 2020 vào các Chương trình mục tiêu hoặc bố trí trong nhiệm vụ thường xuyên của Bộ, cơ quan Trung ương và địa phương để thực hiện. Đồng thời, chủ trì và phối hợp với các Bộ, cơ quan Trung ương rà soát, điều chỉnh theo hướng thu hẹp số lượng Chương tình mục tiêu trong giai đoạn 2016 - 2020 trên cơ sở lồng ghép các Chương trình có mục tiêu tương tự nhau, theo đúng Chỉ thị số 23/CT-TTg, ngày 05/05/2014 của Thủ tướng Chính phủ.

Trung ương tập trung hỗ trợ các dự án hạ tầng có tính liên tỉnh, liên vùng:

Thủ tướng cũng giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan xây dựng nguyên tắc, tiêu chí phân bổ vốn ngân sách Trung ương hỗ trợ có mục tiêu cho địa phương, trong đó Trung ương tập trung hỗ trợ các công trình lớn, trọng điểm, có tính lan tỏa, chủ yếu là các dự án hạ tầng có tính liên tỉnh, liên vùng. Nguyên tắc, tiêu chí và mức mức hỗ trợ sẽ được công khai báo cáo các cấp thẩm quyền quyết định.

Thử tướng nêu rõ, để đảm bảo bố trí vốn ngân sách Trung ương tập trung, hiệu quả, ngân sách Trung ương chỉ hỗ trợ cho các dự án khởi công mới giai đoạn 2016 - 2020 từ nhóm B trở lên; trừ trường hợp đặc biệt, Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định. Đối với các Chương trình mục tiêu mà hầu hết là các dự án nhỏ yêu cầu chuyển vào nhiệm vụ cân đối ngân sách địa để thực hiện.

Về cơ chế hỗ trợ dự án cụ thể, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng chỉ đạo: Đối với các dự án khởi công mới giai đoạn 2016 - 2020 sẽ được Trung ương hỗ trợ bố trí 100% vốn từ ngân sách Trung ương. Đối với các dự án dở dang đã được hỗ trợ từ ngân sách Trung ương trong giai đoạn 2011 - 2015 sẽ tiếp tục hỗ trợ theo tỷ lệ cũ đã được thẩm định, không phân biệt quy mô dự án, cho đến khi hoàn thành; không áp dụng cơ chế mới về quy mô và tỷ lệ hỗ trợ 100% từ ngân sách Trung ương nêu trên.

Bên cạnh đó, Thủ tướng giao Bộ Tài chính căn cứ vào tình hình kinh tế vĩ mô, tăng trưởng kinh tê, nợ công để dự kiến mức vốn trái phiếu Chính phủ phát hành thêm trong 5 năm 2016 - 2020; bảo đảm nguyên tắc hiệu quả, trả được nợ, an toàn nợ công và an ninh tài chính Quốc gia theo quy đinh; trên cơ sở đó, Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan dự kiến danh mục dự án đầu tư từ nguồn vốn trái phiếu Chính phủ giai đoạn 2016 - 2020; báo cáo Thủ tướng Chính phủ.